肛腸疾病的發生是由多種因素造成的，歸納起來可分為內因、外因二大類。
內因
(1)正常人體解剖因素特殊容易形成痔。
(2)生理因素：結腸、直腸為運送食物殘渣的重要器官，而食物經體內分解吸收后，殘渣中常帶有大量有害物質，長期滯留在結腸直腸中，可誘發腫瘤。
(3)遺傳因素：因遺傳基因的缺陷，可產生多發性結腸息肉，p-j綜合征（黑色素斑-結腸息肉病）等遺傳性肛腸疾病。
(4)先天性疾病。
外因
(1)不良的排便習慣：上廁時下蹲位看書看報，造成下蹲和排便時間延長，容易造成肛門直腸內瘀血而誘發疾病。上廁時吸煙能緩沖大腦的排便反射，極容易造成便秘。排便時用力過猛，一些人不管排便感受是否強烈，盲目不停地猛力努掙，只能使直腸肛門和盆底肌肉增加不必要的負擔與局部瘀血，導致疾病發生和發展。
(2)排便異常：腹瀉和便秘均是肛腸疾病的重要發病因素。便秘是最大的禍根，直腸內長期滯留有毒物質不僅可誘發直腸癌，且糞便堆積，影響血液循環。用力解出干燥糞塊，必然會使肛門承受較大壓力，產生瘀血、脹腫、裂口等一系列病理改變。腹瀉常是結腸疾病的臨床表現，腹瀉也能使肛門局部感染機會增多，產生肛竇炎、炎性外痔、肛周膿腫等疾病。
(3)飲食因素：日常生活中，飲食規律或飲食品種難免發生改變，這是很自然的。如食物質量的精粗，蔬菜種類的改變與量的增減，蛋白質、脂肪、淀粉、纖維素等含量的多少，水分攝人情況，都能直接影響糞便成分，引起肛門直腸疾病。長期飲酒或喜食辛辣食品的人，因酒和辛辣物可刺激消化道粘膜，造成血管擴張，結腸功能紊亂，肛腸疾病的發病率明顯上升。全國普查資料說明，喜食辛辣者其發病率為61．6%，喜飲酒者其發病率為64．6%，均明顯高于總的發病率。
(4)職業性因素：長期站立或久坐。因直立或靜坐姿勢，肛門直腸居人體下部，痔靜脈回流不暢。
(5)慢性疾病：如長期營養不良，體質虛弱，引起肛門括約肌松弛無力。長期患慢性支氣管炎、肺氣腫，由咳喘造成腹壓上升，盆腔瘀血。慢性肝炎、肝硬變、腹瀉、結腸炎等均是肛腸疾病發生的誘因。故在預防中應注重病人的全身狀態，采取合理有效的預防措施。
